El auge y la caída del 'major' Trapero

En 2013 fue nombrado comisario en jefe de los Mossos d'Esquadra y cuatro años después, en 2017, 'major' de los Mossos.

Su gestión de los atentados de Cataluña en agosto de 2017 aumentó su popularidad. El 'major' logró que el Cuerpo catalán acabara en seis días con una célula yihadista que dejó 16 fallecidos y 140 heridos. Tras la captura, el diario alemán Süddeutsche Zeitung le definió como «el héroe de España».

Como máximo cargo policial catalán que era en aquel momento, estuvo involucrado en toda la campaña y la celebración del referéndum ilegal del 1 de octubre de 2017 en Cataluna.

El 4 de octubre de 2017 fue llamado a declarar a la Audiencia Nacional como imputado por un presunto delito de sedición en el contexto de las investigaciones sobre el referéndum del 1-O.

El 28 de octubre de 2017 fue cesado por el Gobierno de España como 'major' de los Mossos d'Esquadra, en aplicación del artículo 155 de la Constitución.​

No ayudó a limpiar su imagen una foto que colgó la periodista Pilar Rahola en sus redes sociales en la que se le veía en una fiesta en su casa de Cadaqués con otras personas vinculadas al 'procés' como Puigdemont o Joan Laporta; ni un vídeo difundido en internet en el que aparecía tocando la guitarra y entonando Paraules d'amor de Joan Manuel Serrat.

El 23 de febrero de 2018, la jueza de la Audiencia Nacional Carmen Lamela, le citó como imputado por las órdenes dadas durante los días previos y el mismo día del referéndum de independencia de Cataluña de 2017. Además, citó como testigo a Ferran López, comisario de los Mossos que sustituyó a Trapero.

En abril de 2018 la jueza Lamela cerró la instrucción y ordenó el procesamiento de Trapero por sedición. Pere Soler y del número dos de Joaquim Forn, Cèsar Puig, también fueron acusados por el mismo delito. Lamela defendía que los tres formaron parte de una organización criminal liderada por Puigdemont.

En el marco de la celebración del juicio a los líderes del procés independentista catalán, Trapero fue llamado a declarar en calidad de acusado. La fiscalía pedía para él una pena de 11 años de prisión e inhabilitación. Allí reveló que los Mossos tenían un plan para detener a Puigdemont por si lo ordenaba el juez.