El Papa nombra a Juan José Omella miembro de la Congregación para los Obispos del Vaticano

El 20 de septiembre de 1970 recibió la ordenación sacerdotal y trabajó como coadjutor y como párroco y entre 1990 y 1996 como vicario episcopal en la diócesis de Zaragoza. Además, durante un año fue misionero en Zaire.

El 15 de julio de 1996 fue nombrado obispo auxiliar de Zaragoza y obispo en septiembre. Tres años más tarde, el 27 de octubre de 1999 fue nombrado obispo de la diócesis de Barbastro-Monzón, de la que tomó posesión el 12 de diciembre de 1999.

Entre el 24 de agosto de 2001 y el 19 de diciembre de 2003 fue administrador apostólico de Huesca y entre el 19 de octubre de 2001 y el 19 de diciembre de 2003, también administrador apostólico de Jaca. El 8 de abril de 2004 fue nombrado obispo de la diócesis de Calahorra y La Calzada-Logroño.

Además, es miembro de la Comisión Episcopal de Pastoral Social desde febrero de 2002 y desde 2000 fue presidente en funciones de esta misma Comisión Episcopal. También es consiliario nacional de Manos Unidas.