Unai Emery mantiene la acusada línea nacional en el banquillo amarillo

Así, han dirigido al Villarreal el vasco José Antonio Irulegui en la campaña 98-99, el aragonés Víctor Muñoz, en las campañas 00-01 y 01-02, el asturiano Francisco García Gómez en la campaña 01-02, y el valenciano Benito Floro en la 02-03 y 03-04.

Tras este primer periodo llegó al club el chileno Manuel Pellegrini, que dirigió al equipo desde la campaña 04-05 a la 08-09. Tras su salida llegó al equipo el técnico cacereño, Ernesto Valverde, que no acabó la campaña. A Valverde le sustituyó el valenciano Juan Carlos Garrido, que estuvo esa temporada, y las campañas 10-11 y 11-12.

Garrido fue destituido a mitad de esa campaña 11-12, y le sustituyeron el valenciano José Francisco Molina y el vasco Miguel Ángel Lotina. Tras descender, llegó al equipo Marcelino García Toral, que estuvo cuatro campañas al frente del equipo, dirigiendo las campañas 13-14 a la 15-16.

El también valenciano Fran Escribá dirigió al equipo la campaña 16-17, para ser destituido en los primeros partidos de la siguiente temporada. Llegó el madrileño Calleja al equipo en la campaña 17-18, siendo sustituido en la 18-19 por el madrileño Luis García, pero volvió a los dos meses.